冷却塔经常出现结垢、腐蚀物质沉积、锈蚀、军团菌、细菌藻类等污染问题，但冷却塔的清洗和维护是一个共同的论题。冷却塔在日常运用中暴露在空气中。空气中有许多悬浮粒子、尘埃和杂质。冷却塔会在冷却塔中堆积，冷却塔会产生污垢沉积。在冷却水体系中，也会有很多的藻类和泥浆，形成堵塞。

    在冬季，很少需求冷却塔。冷却塔会积累很多的水，冷却塔内的水会对内部冷却塔形成一定的腐蚀，长期以来会腐蚀材料的积累，导致部分腐蚀严峻。

    在冷却塔中，循环水含有无机盐、有机化合物和微生物。在某些季节，水温可以达到35度以上。如果长时间不更换冷却水或供水缺乏，长时间不清洗、消毒或彻底消毒，将会滋生许多细菌。典型的细菌是"军团菌",这种细菌。它会引起传染病。

    在冷却塔冷却水中，冷却水产生并形成微生物气溶胶，该气溶胶部分流向冷却塔周围的空气，影响周围800米。因而，城市的冷却塔是城市污染的首要来源。